Në vazhdën e këtij bashkëpunimi, dy dekanët, prof. dr. Shaban Sulejmani dhe prof. dr. Fahrush Rexhepi nënshkruan marrëveshje bashkëpunimi në fushat me interes të përbashkët për të dyja institucionit e arsimit të lart fetar islam. Ky bashkëpunim u vlerësua lart nga të dy dekanët, por edhe stafi i të dy fakulteteve. Kjo marrëveshje parasheh bashkëpunimin e profesorëve të të dy fakulteteve, FSHI-së në Shkup dhe FSI-së në Prishtinë në studimet e ciklit të parë (bаchellor) dhe në studimet e ciklit të dytë (mastër). Të dy institucionet do të punojnë edhe në akreditimin e programeve studimore të ciklit të tretë. Kjo marrëveshje parasheh edhe këmbimin e studentëve midis dy fakulteteve. Gjithashtu, është paraparë që në të ardhmen të punojnë në hartimin e teksteve të përbashkëta dhe përkthimin e literaturës islame në gjuhën shqipe për nevojat e studentëve dhe me gjerë.